Trois salles présentent, dans une ambiance de pénombre, les rituels funéraires des époques punique, romaine et de l’antiquité tardive chrétienne :
La salle punique accueille la fameuse collection de stèles et d’urnes du Tophet de Sousse, l’antique Adrim (Hadrumète) ainsi que le mobilier des tombes découvertes à l’intérieur de la Kasbah.
Dans la salle romaine, une collection de stèles funéraires païennes côtoie une collection de sigillée claire, découverte à Sousse et dans sa région ainsi que des statuettes en terre cuite dont la fameuse « femme ivre ».
Le parcours s’achève avec la salle chrétienne, où est présentée une collection de mosaïques, de stèles et de reliefs funéraires, exhumés dans les sous sols des catacombes de Sousse, les plus importantes du monde antique après celles du Rome. Au milieu de la salle, est installée la fameuse mosaïque-mensa (table funéraire) d’Hermès.
A l’extérieur du Musée, la forteresse médiévale, monument historique, offre aux visiteurs des espaces de promenade et des vues panoramiques sur la Médina.